Органами управління Гільдією є:
- З’їзд Гільдії – вищий орган управління;
- Вища Рада Гільдії – керівний орган управління;
- Президент Гільдії – вища посадова особа
Вища рада Гільдії:
Президент Гільдії – КОТОРОБАЙ СТАНІСЛАВ ВАСИЛЬОВИЧ – заслужений економіст України, кандидат юридичних наук, сертифікований внутрішній аудитор, сертифікований аудитор;
Почесний президент Гільдії – РЕДЬКО ОЛЕКСАНДР ЮРІЙОВИЧ – доктор економічних наук, професор, академік НАСОА, засновник Наукової школи аудиту Національної Академії статистики, обліку та аудиту, сертифікований практикуючий аудитор та сертифікований професійний фінансовий менеджер (сертифікат IPFM).
Перший віце-президент Гільдії – ПАВЛОВА ІРИНА МИКОЛАЇВНА – сертифікований практикуючий аудитор, з 2007 по 2012 рік – член Аудиторської палати України та член Комісії Аудиторської палати України з правового забезпечення аудиту;
Віце-президент Гільдії(з питань внутрішнього аудиту в державному секторі, на громадських засадах, без прав управління фінансово-господарською діяльністю) – БАРИНІНА МАРИНА ВАЛЕРІЇВНА – заслужений економіст України, директор Департаменту внутрішнього аудиту Міністерства оборони України, сертифікований не практикуючий аудитор. Бариніна Марина Валеріївна з 23.06.2020 тимчасово відсторонена від участі в роботі керівного складу Гільдії з метою уникнення конфлікту інтересів у зв’язку з виконанням Гільдією свого обов’язку перед членом в частині захисту прав внутрішнього аудитора(п. 3.2.15 та п. 4.6.1.8. Статуту Гільдії).